フクロモモンガの雌雄は、脱嚢直後でもはっきりとしていて判別は簡単です。
尻尾の付け根にある排泄孔から少し上の部分に、デベソのような丸いもの(睾丸)がぶらさがっている場合は男の子。
同じ位置に、穴のような凹み(育児嚢)がある場合は女の子です。
また、性成熟前の♂の睾丸は小さく体にくっついている場合があり、お腹の皮などに隠れて見落とすことがあります。
隠れてしまうのは♀の育児嚢の入り口も同じです。
毛が生えて来ると、お腹が隠れて判別しにくい場合もありますが、動いていれば見えるのでじっくりと観察してみてください。
性成熟を迎えると、♂は頭や胸の臭腺からニオイのある分泌液を出し、マーキングに使用します。
これによっておでこや胸の部分の毛が無くなる場合があるのでこれも一つの雌雄判別方法と言えます。